Erityisopetuksen suunnittelu, järjestäminen, arviointi, seuranta ja kehittäminen sisältyvät opetuksen järjestäjän laatimaan koulutuksen kehittämisen yleissuunnitelmaan ja opetussuunnitelman perusteiden nojalla laadittuun opetussuunnitelmaan ja tapahtuu yhteistyössä yleisopetuksesta vastaavien henkilöiden kanssa. Ammatillisessa koulutuksessa koulutuksen järjestäjän opetussuunnitelmassa määritellään erityisopetuksen järjestämisestä ja yhteistyöstä oman oppilaitoksen sisällä. Erityisopetukseen liittyvästä kuntoutuksesta ja tukipalveluiden järjestämisestä vastaavat opetus- ja sosiaalitoimi sekä terveydenhuolto yhdessä.

Koulutuksen järjestämisen kannalta tärkeää on opetusministeriön koulutuksen ja tutkimuksen kehittämissuunnitelma vuosille 2003 – 3008, joissa ilmaistaan lähivuosina tapahtuvan valtakunnallisen kehittämisen keskeiset sisällöt ja toimenpiteet. Ne koskevat kokonaisuudessaan sekä yleisopetuksen että erityisopetuksen järjestämistä, sillä erityisopetusta kehitetään oleellisena ja luonnollisena osana yleisopetusta. Opetuksen järjestäjän tulee laatia näihin suunnitelmiin perustuvat paikalliset kehittämissuunnitelmat siten, että erityisopetuksen kehittämissuunnitelma on kokonaissuunnitelmassa mukana.  Suunnitelmat voivat olla myös alueellisia ja seutukunnallisia. Suunnittelun lähtökohtana on koulutuksen perusturvan toteuttamisen varmistaminen, syrjäytymisen ennaltaehkäisy, varhainen puuttuminen ja koulutuksen perusoikeuksien varmistaminen kaikille ihmisille kaikilla koulutusjärjestelmän tasoilla.

Toteutuksen painopisteinä ovat koulutusjärjestelmän tehokkuuden parantaminen, lasten ja nuorten tukeminen sekä perus- että toisella asteella mm. vahvistamalla tukiopetusta ja erityisopetusta yleisopetuksen osana sekä oppilaan ja opiskelijan ohjausta, oppilas- ja opiskelijahuoltoa ja muita tukipalveluja. Lähtökohtana on koulutusturvan toteuttaminen, syrjäytymisen ehkäiseminen, varhainen puuttuminen sekä koulutuksen perusoikeuksien toteuttaminen kaikille ihmisille koulutusjärjestelmän kaikilla tasoilla. Erityisopetuksen toetutumista arvioidaan ja laaditaan sitä tukemaan toimenpideohjelma, jossa parannetaan oppimisen ja sopeutumisen varhaista tunnistamista ja opetusjärjestelyjen kehittämistä.

Tarkoituksena on parantaa esi- perus- ja lisäopetuksen ja tukipalveluiden järjestämistä ja laatua, kehittää seutukunnallisten resurssikeskusverkostojen muodostumista, vahvistaa lähikouluperiaatteen toteutumista ja tukea moniammatillista yhteistyötä hallinnon eri tahoilla ja tasoilla sekä kehittää aamu- ja iltapäivätoimintoja. Myös opetuksen tavoitteita ja sisältöjä, apuvälineitä, oppimateriaaleja ja opetusmenetelmiä kehitetään siten, että niissä otetaan huomioon erilaiset oppimistavat ja toimintaympäristöt. Toimintatapoja kehittämällä edistetään oppilaiden osallisuutta ja tiivistetään kodin ja koulun yhteistyötä. Lisäksi opettajankoulutuksessa otetaan huomioon yhtenäisen peruskoulun toiminnassa yleisopetuksen ja erityisopetuksen yhteistyön parantaminen.