De centrale overheid draagt grotendeels zorg voor de financiering van speciaal onderwijs in Nederland. De gemeenten zijn verantwoordelijk voor kosten van leerlingvervoer en voor het toegankelijk maken van gebouwen voor leerlingen met beperkingen.

Het systeem voor de financiering van speciaal onderwijs is in de kern tamelijk eenvoudig. Het aantal beschikbare leerkrachten is gebaseerd op het aantal leerlingen van de school op een bepaalde peildatum. Er zijn 10 typen speciaal onderwijs, variërend van scholen voor kinderen met spraakstoornissen tot die voor meervoudig beperkte kinderen. Elk van die schooltypen krijgt een aantal leerkrachtminuten per ingeschreven leerling: elke dove leerling bijvoorbeeld ‘levert’ ruim 400 leerkrachtminuten per week op. Gebaseerd op het jaarlijkse overzicht met het totaal aantal leerlingen, het type beperkingen, de leeftijd, en andere kenmerken (etnische achtergrond, opleidingsniveau van de ouders) berekent de overheid de personeelskosten (formatie budget) en alle andere uitgaven (het zogenaamde LONDO budget), waaronder huisvesting, verwarming, leermaterialen, verzekeringen, enz. De toegekende budgetten worden direct aan het schoolbestuur uitgekeerd. Het LONDO-budget komt als lumpsum. Het schoolbestuur kan zelf beslissen over de besteding van deze middelen.

Eveneens gebaseerd op het jaarlijkse overzicht wordt een aanvullend budget voor reiskosten, administratie en kosten voor ambulante begeleiding toegekend. In bijzondere gevallen kan de school een aanvraag voor extra middelen indienen. De overheid beslist over een eventuele toekenning maar het gaat hier, in tegenstelling tot de eerder genoemde budgetten, niet om open-einde financiering. Het totaal beschikbare budget is beperkt en aanvragen kunnen worden afgewezen omdat het budget uitgeput is.

De financiering van het onderwijs aan leerlingen met beperkingen in het regulier onderwijs is lange tijd beperkt geweest. Met de nu bestaande regelingen echter, heeft het regulier onderwijs meer mogelijkheden gekregen. De invoering van het ‘Weer Samen Naar School’- beleid (zie ook: ontwikkeling van integratie/inclusie) geeft het regulier onderwijs meer mogelijkheden om een speciaal onderwijsaanbod in de reguliere school op te zetten. De voorzieningen onder het ‘Weer Samen Naar School’-beleid zijn vooral bedoeld voor leerlingen met leer- en opvoedingsproblemen en moeilijk lerende kinderen.

Naast de financiering beschikbaar onder het ‘Weer Samen Naar School’ beleid, kunnen reguliere scholen in het kader van ambulante begeleiding extra leerkrachttijd aanvragen voor het onderwijs aan leerlingen met visuele, auditieve, verstandelijke en/of motorische beperkingen. Ook zonder ambulante begeleiding zijn er nog mogelijkheden voor extra budget voor de plaatsing van leerlingen met beperkingen in het regulier onderwijs (het Aanvullend Formatie Beleid). Scholen kunnen jaarlijks een budget aanvragen, maar de middelen zijn beperkt beschikbaar. Basisscholen met bijvoorbeeld een leerling met Down's syndroom in groep 1 of 2 kunnen 0.1 formatieplaats ontvangen. Voor een leerling in een hogere groep is 0.2 formatieplaats beschikbaar.

In incidentele gevallen kan er naast de hier voor beschreven middelen van het Ministerie van Onderwijs en de gemeenten ook een beroep gedaan worden op bronnen van andere ministeries, bijvoorbeeld VWS, en op de sociale verzekeringen die voor leerlingen met ernstige beperkingen soms extra apparatuur in de school of specifieke aanpassingen van het gebouw voor hun rekening willen nemen.

De wijze van financiering van het onderwijs aan leerlingen met visuele, auditieve, verstandelijke en/of motorische beperkingen en/of gedragsproblemen zal binnenkort veranderen. Tot nu toe krijgen scholen van de overheid extra middelen, die doorgaans niet voor reguliere onderwijsinstellingen beschikbaar zijn. De extra middelen worden dus toegewezen aan bepaalde aanbieders van onderwijs. Het alternatief is de beschikbare extra middelen toe te kennen aan de ouders van leer¬lingen, dus aan de onderwijsvragers. Leerlingen met beperkingen brengen dan als het ware een `rugzak' vol met extra geld mee. Om die reden staat het beleid bekent als het ‘Rugzak’-beleid (zie ook: ontwikkeling van integratie/inclusie).