Voor een aanzienlijke groep kinderen en jeugdigen geldt dat ze te maken hebben met ontwikkelings- en/of leerachterstanden in vergelijking met hun leeftijdgenoten, (herhaald) zitten blijven en/of met een verwijzing naar speciale vormen van onderwijs en opvang. Voor bijvoorbeeld kinderen met ernstige verstandelijke beperkingen of met meervoudige handicaps, geldt zelfs dat van meet af aan plaatsing op een school voor regulier onderwijs als een weinig reële mogelijkheid gezien wordt. In de praktijk wordt een belangrijk deel van deze leerlingen door middel van verwijzing naar scholen voor speciaal onderwijs extra hulp geboden.
Lange tijd is het speciaal onderwijs gezien als een goede mogelijkheid die extra hulp te bieden. De afgelopen decennia echter is steeds meer zorg geuit over de gestage groei van het aantal leerlingen dat een school voor speciaal onderwijs wordt verwezen. Om het regulier onderwijs te versterken en zo het aantal verwijzingen te beperken zijn diverse beleidsmaatregelen (integratie kleuter lager onderwijs, zorgverbreding, invoeringsprogramma's) ontwikkeld. Het achterliggend idee was, dat regulier en speciaal onderwijs best als aparte onderwijssystemen naast elkaar konden bestaan, maar dat het aantal leerlingen op scholen voor speciaal onderwijs beperkt moet blijven.
Een geleidelijk toenemend aantal ouders wil graag dat hun gehandicapte kind niet naar een speciale, maar naar een reguliere school gaat. Ze wijzen er dan op dat de andere kinderen uit het gezin ook naar die school gaan, dat het de dichtstbijzijnde (buurt-) school is en dat ze hun kind onderwijs willen bieden samen met andere, niet-gehandicapte kinderen. Voorstanders van integratie geloven op grond van de ervaringen in andere landen (Denemarken, zweden, Engeland, V.S.) dat integratie mogelijk is.

In het debat over integratie spelen ook andere argumenten een rol. De segregatie van leerlingen in scholen voor speciaal onderwijs wordt gezien als een aantasting van het recht van kinderen aan de lokale samenleving deel te nemen, als sociaal onwenselijk en als een misschien praktische, maar niet strikt noodzakelijke manier van aanbieden van speciaal onderwijs.

Daartegenover staan aanzienlijke aantallen leerkrachten in regulier en speciaal onderwijs en een deel van de ouders. Hoewel ze integratie als streven niet echt afwijzen, gaan ze er vooralsnog van uit dat kinderen met beperkingen behoefte hebben aan een gespecialiseerd onderwijsaanbod en beter af zijn in een school voor speciaal onderwijs.

In de afgelopen jaren is nieuw beleid voor de scholen voor speciaal onderwijs ontwikkeld. Dat beleid valt in twee hoofdlijnen uiteen. Voor de groep 1 scholen (LOM, MLK, IOBK) is het zogenaamde 'Weer samen naar school' (WSNS) beleid ontwikkeld, terwijl voor de andere scholen voor speciaal onderwijs het zogenaamde 'Rugzak' beleid is opgezet.

In het 'WSNS' beleid gaat het om het terug dringen van de verwijzingen vanuit het regulier onderwijs naar het speciaal onderwijs. Eén van de kenmerkende instrumenten van het WSNS beleid zijn de samenwerkingsverbanden, bestaand uit scholen voor regulier en speciaal (LOM en MLK) onderwijs. Van de scholen in het samenwerkingsverband wordt verwacht dat ze gezamenlijk de zorg voor leerlingen met problemen vorm geven. Een volgende stap in het WSNS beleid was het veranderen van de wijze van bekostiging van het onderwijs aan leerlingen met problemen: een deel van de financiën beschikbaar voor het speciaal onderwijs is overgeheveld naar het samenwerkingsverband. Dat maakt het mogelijk om extra middelen in te zetten in het regulier onderwijs voor leerlingen die anders wellicht verwezen zouden worden.

In lijn met het WSNS beleid is ook het voortgezet onderwijs voor leerlingen met leer- en opvoedingsmoeilijkheden en moeilijk lerende kinderen veranderd. Het speciaal voortgezet onderwijs voor deze leerlingen is niet langer onderdeel van wetgeving voor speciaal onderwijs, maar is in 1998 opgenomen in de Wet op het Voortgezet Onderwijs. Met deze vernieuwing is het speciaal voortgezet onderwijs en delen van het regulier voortgezet onderwijs (MAVO en VBO) samengevoegd tot het VMBO, Voorbereidend Middelbaar BeroepsOnderwijs. Onderdeel daarvan is de zogenaamde individuele hulpstructuur, waarin de methodiek, de didactiek en de pedagogische aanpak meer toegesneden zijn op de individuele behoeften van kinderen. Leerlingen die zelfs met veel extra ondersteuning niet in staat zijn een VMBO diploma te halen kunne deel nemen aan de beroepsgerichte leerweg. Dit bereidt leerlingen voor op laag gekwalificeerd werk op de arbeidsmarkt. Of leerlingen kunnen worden toegelaten wordt beoordeeld door een regionale verwijzings commissie. De commissie werkt met landelijke toelatingscriteria. De criteria zijn gebaseerd op IQ, leerachterstanden en sociaal-emotionele problematiek.

Voor de invoering van het gehele stelsel is een vierjarige overgangsperiode, eindigend op 1 augustus 2002, gebruikt.

De kerngedachte in het beleid voor de scholen voor leerlingen met zintuiglijke, lichamelijke, geestelijke beperkingen en/of gedragsproblemen is, dat niet langer plaatsen voor leerlingen in scholen voor speciaal onderwijs gefinancierd worden, maar dat de financiering aan de leerling gekoppeld wordt, ongeacht de plaats waar de betreffende leerling onderwijs volgt. Leerlingen die een vorm van speciaal onderwijs nodig hebben, hoeven dan niet noodzakelijk meer naar een school voor speciaal onderwijs om de speciale zorg te krijgen, maar kunnen met een zelf te besteden budget de gewenste hulp ook in het regulier onderwijs regelen. Dit beleid is bekend geworden als het ‘Rugzak’-beleid’: de leerlingen nemen de middelen immers mee naar de school van hun keuze. De middelen worden ter beschikking gesteld nadat door een te formeren commissie een indicatiestelling is afgegeven. De hoogte van het ter beschikking gestelde budget zal af hangen van de aard en de ernst van de geconstateerde beperkingen. Na een eventuele indicatiestelling kunnen ouders en leerling een school kiezen en meebeslissen over de besteding van het budget. Het budget wordt pas uitgekeerd aan de gekozen school als ouders en school het eens zijn over de besteding van het budget en over het te realiseren onderwijsaanbod en/of de zorg voor de betreffende leerling. In de zogenaamde Wet op de Expertisecentra wordt nieuwe regelgeving hieromtrent opgenomen.

Scholen hebben de ‘maatschappelijke opdracht gehandicapte leerlingen op te nemen als ouders dat wensen’ (Min van OC&W, 1996, pag. 14). Dat betekent overigens niet dat reguliere scholen onder alle omstandigheden een gehandicapte leerling moet toelaten. De school moet uiteraard in staat zijn de betreffende leerling adequaat onderwijs te bieden. Als dat werkelijk niet mogelijk is, mag de school van plaatsing afzien. De school moet die beslissing wel verantwoorden tegenover de inspectie.

De criteria voor toekenning van een leerlinggebonden budget zijn in hoge mate gebaseerd op de bestaande praktijk. De criteria voor visueel beperkte leerlingen zijn een gezichtsscherpte:  0,3 of gezichtsveld:  30 en een beperkte deelname aan het onderwijs als gevolg van de visusproblemen. Wanneer een gehoorbeperking (conductief dan wel perceptief) gemeten wordt van > 80 dB bij het beste oor en met hoortoestel (of voor slechthorende kinderen minimaal 35 dB en maximaal 80 dB) en een beperkte deelname aan het onderwijs worden leerlingen met een auditieve beperking geïndiceerd voor een leerlinggebonden budget. De beslissing een leerlinggebonden budget toe te kennen aan een leerling met verstandelijke beperking wordt grotendeels gebaseerd op het IQ (< 60), voor motorisch beperkte en voor chronisch zieke leerlingen wordt de beslissing gebaseerd op medische gegevens waarin de beperkingen/ziekte blijkt. De criteria voor leerlingen met ernstige gedragsproblemen gaan uit van een diagnose in termen van de DSM IV categorieën, problemen op school, thuis en in de samenleving en een beperkte deelname aan het onderwijs als gevolg van de problemen.

Direct gekoppeld aan het nieuwe financieringssysteem is de reorganisatie van het speciaal en voortgezet speciaal onderwijs. het aantal verschillende schooltypen wordt teruggebracht tot vier zogenaamde regionale expertise centra: voor visuele beperkingen, voor auditieve beperkingen en spraakproblemen, voor verstandelijke en/of motorische beperkingen en voor ernstige gedragsproblemen. In 1997 werden de eerste plannen goedgekeurd door het parlement en in het najaar van 2002 werd meer definitieve wetgeving van kracht. Op dit moment is de implementatie van zowel de criteria, de financiering als de regionale expertise centra in volle gang.